加拿大的监管方式与美国有很多相似性：凡经卫生部门审查批准进入市场销售后，该转基因产品就被认定为实质上等同于传统食品，一般不强制要求添加特殊标志。 在加拿大，负责法规和标签的权利机构是卫生部，其所属的健康保护局在加拿大食品检验局领导下进行管理。该局根据1995年制定，1998年修订的《新食品管理条例》和1994年制定的《新食品安全评价准则》的规定，对生物技术食品进行管理。加拿大的新食品法规以 “实质等同性”原则为基础，并要求生产商在新食品销售和发布广告前的45天内向健康保护局提交书面报告。报告内容包括新食品的普通名称、研制和生产的过程及发生的任何主要变化；有关新食品的使用还应包括制作指导及食用量的估计；在加拿大以外的使用情况以及标签上的所有内容。按加拿大食品管理局授权，该国的食品标签由加拿大卫生部和加拿大食品检验局制订。准则要求其标签内容必须真实且容易理解，并且不能造成误导。那些对于健康和安全可能有影响的食品，如可能引起过敏、或可造成毒性、成分及营养的改变，则实行强制性标签。要求生产商在标签上标识是否含有某种成分，但这种标识是真实的并且不造成误导。
在加拿大，任何食品，包括转基因食品都需要针对例如过敏性，组成成分以及营养变化这些安全隐患进行特殊的标识。对于转基因食品，若与食品安全性有关的如过敏性、食品组成和食品营养成分发生了变化则需进行特殊的标识，这种标识必须能够明确的警示消费者和易受感染群体。标识必须真实，通俗易懂而又不误导消费者，不能够对食品的特征、价值、组成、优点或安全产生错误的印象。任何肯定的（包含）或者否定的（不包含）的标识都是允许的，只要该标识符合事实，并且没有欺骗和误导。原则上，安全且有营养的转基因食品的标识应该和非转基因食品的标识一致。在特殊情况下，如果产品中含有针对性的基因修改，必须通过特殊的标识来告知消费产品的变化。
